据史料记载，对
伏羲的
祭祀始于秦早期。西汉初年，继承秦之郊祭制度。东汉沿用此制。唐玄宗开元年间，在京师长安专建三皇庙，天宝六年确立三皇祭祀典范。北宋太平兴国初年，于天水卦台山创建伏羲庙，始立庙祀。金章宗明昌年间，卦台山祭祀伏羲始成规格，历年祭祀，并三年一大祭。元元贞年间，元成宗诏命全国通祀三皇，当时卦台山伏羲庙主祭伏羲，配祀炎帝神农和轩辕黄帝，每年三月三日、九月九日用太牢祭祀，并申明礼部，由官府出资，由官员主祭。明初，沿袭元制，卦台山被列为伏羲的陵墓，
民间祭祀尚存。明成化十九年在秦州创建伏羲庙，正德五年，卦台山和秦州伏羲庙恢复春秋官祭，祭祀中心由卦台山移至秦州，卦台山逐渐变为民祭场所。嘉靖二年，秦州伏羲庙祭祀活动逐渐正规化、制度化，礼部还专门为祭祀制定程式化祭文，祭祀费用列为州署财政预算，制礼作乐，同时制定祭祀程序，祭祀进入极盛期，秦州伏羲庙成为全国性的规格最高的伏羲祭祀中心据史料记载，至明代时，秦州伏羲庙成为全国性的伏羲氏祭祀活动的中心，以朝廷的名义(国家级规格)举行祭祀，成为秦州祭祀伏羲氏活动的辉煌时期和
历史上的最高规格。祭祀费用列入州署财政预算，并由礼部制订祭文。
嘉靖十三年(1534年)，巡按甘肃御史张鹏、秦州知州黄仁隆主持制礼作乐，制订了祭祀程序、乐生舞生员额、祭祀人员的服饰、祭器等。张鹏并亲撰《迎神曲》、《送神曲》，祭祀进入极盛期。
其祭祀过程主要包括以下六项
仪式：
1、出告文
告文是一种特殊的文体，类似于今告示。太昊庙告文指秦州(今天水)伏羲庙在祭祀伏羲氏之前出的告示，其告知对象是民众，主题为向民众昭示伏羲氏的功德。天水今存最早的告文为明朝刘尚义《太昊庙告文》，刘尚义为嘉靖十四年(1535年)进士，曾任秦州州判。该文见《直隶秦州新志·艺文》，文曰：
嗟惟太古 时会洪荒
其风简略 文物未彰
如彼晦冥 昏朦元沤
羲皇特起 配天为王
聪明神圣 灵异靡常
爰衍八卦 始制文章
男女有别 化机乃扬
人极爰立 开我周行
日月悬曜 光照无疆
往者绪绍 来者轨张
慨我黎庶 是用是将
惟木有本 枝叶其昌
于帝振迹 麟趾顾长
彼苍者天 可与类行
惟台小子 迁于是方
永念遗德 肃将不忘
陈彼腐亥 只荐于旁
明灵昭格 奕其来洋
2、出榜文
天水伏羲庙祭祀之时，先出告文，向民众昭示伏羲功德，迎神之时，又要出榜文，榜文类似于祈祷文，主题为告慰伏羲氏神灵，其比出告文更庄重严肃。所谓“迎神出榜，送神烧榜”专指送神时要将榜文烧在先天殿前的琉璃塔中，而后将灰送入藉河。榜文今已无存。
3、迎神
迎神是整个祭祀过程的主体议程之一，此刻，鼓乐齐鸣，载歌载舞。根据乾隆《直隶秦州新志·建置》记载，明代乐舞规模“有迎神、初献、亚献、终献、彻馔、送神之乐。乐器三十有六，乐生四十有四人，冠服一百四十有四。舞器百有三十，舞生六十有六人，冠服二百六十有四。”并且，“召工制器，按八音以为乐，准八佾以为舞。盖琴、瑟、笙、镛之属必调；龠翟、冠、袍之属必绝致；制罔不合，度罔不中”(见明胡缵宗《太昊庙乐记》)，现存明代《迎神曲》有两章，一章为当时的陕西监察御史山西沁州人张鹏巡察秦州时所撰，一为当时陕西秦安(今天水市秦安县)人胡缵宗所撰。
张鹏《迎神曲》曰：
山矗矗兮水悠悠，
风瑟瑟兮云倏倏。
殿阒旷兮鸟声柔，
天元冥兮树色幽。
谐鼓吹兮陈肴馐，
纷拜舞兮恭献酬。
神之来兮灵色周，
驾玉龙兮乘苍虬。
蛮锵锵兮旆皓皓，
宛在清虚烟上头。
胡缵宗《迎神曲》：
天生羲圣，广大变通。
立极垂易，列圣攸宗。
天子致祀，仪文式崇。
神之鉴之，昭格雍雍。
4、献供
据刘雁翔《伏羲庙志》记载，明代秦州伏羲庙祭祀规格沿袭金元两代卦台山伏羲庙规格，以太牢祭祀，即用牛、羊、猪三牲。祭祀时陈设的祭器有登、刑、笾豆、簋、簋、俎、爵、尊等，分别盛肉类、羹、瓜果、菜肴、黍、稷、稻、粱、酒等祭品，另设玉帛等物。现存献供乐章为胡缵宗所撰，文曰：
初献
牺牲既洁 俎豆载馨
鼓琴鼓瑟 惟圣惟灵
文敷八卦 道衍六经
报功报德 惟格惟歆
亚献
洁帛既陈 清酤复献
惟祀雍容 维灵缱绻
八卦初传 斯文式宪
神其来临 歆此亚饭
终献
律吕既翕 仪度复详
在天上帝 在帝羲皇
河图垂宪 龙马回翔
惟神昭格 眷此帝乡
彻馔
神之来兮 见龙在田
神之去兮 飞龙在天
牺牲斯报 琴瑟斯宣
神其眷注 鉴此衷虔
5、恭读祭文
恭读祭文是整个祭祀活动的中心活动之一，明代嘉靖二年(1523年)，秦州伏羲庙正式建成，祭祀活动渐次正规化、制度化。为了体现对先皇的崇敬，明廷礼部向秦州特别颁发《太昊伏羲庙祭文》作为官祭时的规范祭文，代表朝廷致祭。至此，秦州伏羲庙祭祀规格达到有史以来的最高规格。现存礼部所颁祭文曰：
维年月日，秦州某官某，钦奉上命，致祭于太昊伏羲氏：
于维圣皇，继天立极。
功在万世，道启百王。
顾兹成纪之乡，实惟毓圣之地。
爰承明命，建此新祠。
用妥在天之灵，并慰斯灵之望。
时惟仲春(秋)，祀事陈式。
神之格思，永言无羁。
6、送神
送神是祭祀活动的最后一项议程，“送神烧榜”即在此时。明代送神乐曲仍然由张鹏和胡缵宗分别撰写。张鹏送神乐章为：
日欲暝兮月将晖，
雾霭霭兮烟霏霏。
湛佳醑兮天熹微，
陈琼筵兮神依稀。
钟鼓间兮琴瑟希，
凤吹导兮鸾舆归。
神犹眷兮旆欲挥，
鸣苍佩兮垂丹房。
来何从兮去何适，
松柏穆兮鸟雀飞。
胡缵宗送神乐章为：
送神：
龙乘秘殿，云复行宫
卦台斯格，纪邑攸同
太羹金注，元酒玉溶
瞻依犹切，陟降曷从
望瘗(词与送神相同)
除上述祭祀乐章外，天水今存最早的祭祀乐章为元代乐章，文为：
五德之首 巍巍圣神
八卦有作 诞开我人
物无能称 玄酒在尊
歆监在兹 惟德是亲
注：此“秦州”即今天水